百迈客物种数据库是一个将多组学数据高度整合、集成在一起,实现数据的浏览、查询、再度挖掘的综合性平台。

为了更好的服务于科研,物种数据库推出了V2.0版:不但可共享研究成果,而且通过后台管理系统可以完成logo、文字描述、配色、单位等信息的修改,更重要的是可以实现新增数据的一键式部署。

更更重要的是,数据库也可以发表高分文章哦!

百迈客物种数据库核心功能介绍

标准版数据库:

  • Browse

标准版Browse模块中共部署了7个子模块进行核心数据的浏览,如Browse中的Annotation模块,链接:

功能说明:

  • 选择物种
  • 选择所关心的注释数据库类型(默认是All)
  • 输入所关心的基因ID或者功能注释关键字

  • Search

标准版Search模块中共部署了5个子模块完成数据的查询、检索,如Search模块中的Multicriteria Search,

链接:

功能说明:

  • 选择待检索的变异类型,SNP  或者 Indel
  • 选择在哪个版本的参考基因组中检索结果
  • 输入检索的染色体区域
  • 输入要检索的基因ID
  • 输入要检索的变异ID

注 3、4、5三个选项只能选择一个哦!

  • 选择要在哪个品种中进行检索
  • 具体要检索的Type类型
  • 具体要检索的基因型Genotype

点击Search后,即可完成特定样品在特定条件下的变异详情信息了,结果中还包括了变异位点上下游20bp、及500bp的序列信息,便于用户进行引物设计。

  • Tools

标准版Tools模块中共部署了8款工具用于对库中多组学数据的进一步深度挖掘:

  • 基于局部比对算法的搜索工具:、
  • 基因组浏览器:、,用来展示各种基因信息,比如基因的外显子内含子,比如转座子和重复序列或者SNP/Indel
  • 计算个体表型数据的工具:
  • 基因共表达网络图:
  • 引物设计软件:
  • 基因表达量热图:

如Tools模块中的Expression Visualization,

链接:

功能说明:

  • 输入关心的基因ID,基因ID之前以逗号分隔
  • 选择特定个体、特定组织在特定处理条件下的样品

点击“Display Expression Heatmap”即可构建出表达量热图

  • 后台管理

通过管理员账号登录后台后,不但可以编辑背景色、轮播图、各个模块的文字描述,而且底层数据也可以通过后台进行上传、管理。

再也不需要占用一个被灰尘落满的硬盘存储科研数据了;

再也不需要配备专业的美工去完成页面背景色的修改了;

再也不需要哀求专业的IT开发工程师、运维工程师去完成底层数据的更新了(替换、追加随您便);

背景色的编辑:

Home页内容编辑:

我们通过上面4部分内容,对百迈客物种数据库的功能做了一个简单的介绍。

如果想了解更多的功能,

如果想了解更多的后台管理功能

如果您想为您的科研数据部署一个数据库

请通过网站查看–

 

成功案例:

虾数据库:

番茄数据库:http://

橡胶树数据库

包括4份草图基因组、遗传变异数据、转录数据、表型数据等多组学数据信息,为科学家进一步研究提供帮助。

柑橘数据库

包含246个样本的Snp/Indel变异结果及性状数据,并且部署了CitEVOL等分析工具,用于进行PCA、进化树构建等分析。

 

 

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