Nanopore建库测序

平台介绍

Nanopore平台是新兴的实时单分子纳米孔测序技术平台:借助单个分子通过纳米孔时引起孔两侧电位差来实现信号检测,纳米孔的直径仅允许单个核苷酸聚合物通过,而ATCG四种碱基的带电性质不同,因此通过电信号差异特征即可检测出通过纳米孔的碱基类型,从而实现测序。2018北京百迈客生物科技有限公司与牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,简称ONT)达成长期合作,基于ONT测序平台进行产品开发与应用。

ont

提取检测

提取的核酸质量是影响ONT测序读长的关键,百迈客实验团队历时2年针对ONT平台提取研发、探索。总结积累了水产、林木、中药、作物、哺乳动物等多种物种提取经验,并通过NanoDrop、Qubit、琼脂糖胶多种方法完成检测。

建库

jianku

ONT建库目前主要采用连接测序试剂盒(Ligation Sequencing Kit)的方法,通过末端修复、添加测序接头直接建库,操作简便。同时根据实验目的可自主选择片段筛选、非片段筛选、片段打断等多种建库方式完成测序。

测序

ONT测序平台通过电信号识别碱基序列。当DNA/RNA单链通过纳米孔时,不同的碱基会形成特征性离子电流变化信号,通过对这些信号检测,可获得相应碱基类型,完成测序。

nanopore

平台优势

Nanopore GridION X5测序仪
  • 读长更长,平均读长可达20kb,最长可达到Mb级别。(理论上提取多长测多长)
  • 测序过程中不具有由PCR反应引起的GC偏好性,基因组覆盖更均匀。
  • 可直接读取甲基化等序列修饰信息。
  • 直接完成全长转录组的定性、定量分析。
  • 成本更低

百迈客ONT建库测序优势

  • 项目经验丰富
  • 高质量的数据产出
  • 45天完成建库测序(以测序数据量<200Gb计算周期)
  • 中国大陆目前首家且唯一一家全部通过 PromthION/GridION平台及DNA/RNA样本官方认证的公司。

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